Armada 2250 : La rébellion est un jeu d'action/aventure dans lequel vous jouez car un lieutenant dans la marine unie de colonies de l'espace (USCN). Votre tâche courante est sur la planète Pegasus où un petit détachement d'USCN essaye d'arrêter une bande des pirates de piller les convois commerciaux d'USCN. Cependant elle est seulement après que votre base est attaquée par ces pirates que vous commencez à se rendre compte que ce n'est pas les navires marchands qu'ils sont après, mais quelque chose bien plus extrêmement.